按成立的先后顺序来讲，分别是“基地组织”、“塔利班”、“ISIS”。后两者都是从“基地组织”演变出来的。
塔利班在这里就不重点展开了。
其一是塔利班相对另外两个组织来讲更符合人们一般意义上理解的“政权”。目前已经成立了阿富汗伊斯兰酋长国，是该地区的实际掌控者。不管各国是否有承认这个国家的合法性。但都在不同程度上，直接或间接的承认该组织在阿富汗地区有领导权。
其二是塔利班相对另外两者“野心”更小。一定程度上可以理解为滥用恐怖手段夺取政权的反政府武装，并且已经成功复辟。塔利班的恐怖活动基本都集中在阿富汗境内。针对的对象基本是阿富汗境内的外国人或者他国驻阿机构。其所宣传的意识形态，即“结合普什图部族律法的沙里亚法规创新形式”，也主要针对其控制范围内的阿富汗人。
这里主要讲一下基地组织与ISIS之间的区别在哪里，其实搞明白了区别，自然也就清楚了他们之间的联系，因为基地组织的架构是很容易与其他组织产生“联系”的。
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在对比前先说明一下。
今年2月3日，ISIS第二任头目阿布·易卜拉欣·哈希米·库雷希在美国联合特种作战司令部的突袭行动中，引爆炸弹自尽身亡。
继任者为阿布·哈桑·哈希米·库拉希。
但就在三天前，也就是2022年11月30日，美国中央司令部发言人称，“叙利亚自由军”10月中旬在叙利亚德拉省的军事行动中击毙了ISIS的最高头目，阿布·哈桑·哈希米·库拉希。
目前该消息尚未得到明确证实。如果是真的，目前我们也不知道ISIS下一任头目是谁。
今年7月31日，基地组织第二任头目艾曼·穆罕默德·拉比耶·扎瓦希里在喀布尔一间安全屋内被美军无人机击毙。
目前基地组织头目处于悬空状态。
因此为了更好的比较两个组织之间的区别，我们以2016年的数据为准。此时两个组织的领导人相对明确，组织架构相对完整。
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基地组织
说到基地组织与ISIS之间的区别，为了方便理解，你可以将二者简单的想象成封建制度和中央集权制度的区别。
前者类似“封建制度”后者则向“中央集权制度”靠拢。
基地组织的架构是一种松散的层级结构。由内而外大致分为四层，越往外同基地的联系越弱，基地对其的控制力也越弱。
第一层即基地“核心”，主要包括基地组织的领导机构。
其组织核心位于巴基斯坦与阿富汗交界的普什图人聚集地区。主要工作是推进基地意识形态的传播，协调解决基地其他分支机构的纠纷以及为各分支机构提供战略规划。注意，为何要协调其他分支机构的纠纷，就是因为基地中央和其他分支机构并不是严格意义上的上下级隶属关系。因为这些分支机构并不是由基地组织直接设立的，这些分支往往是基于意识形态的认同或是鉴于基地组织的“名声”而公开效忠基地组织，接受基地组织的领导指挥，分支机构之间的利益很可能存在冲突。就像康沃尔公爵和威塞克斯公爵发生战争，作为二人共主的英格兰国王只能是调停。（尚不清楚基地组织是否有执行全境和平的选项，暴露身份了属于是）“我附庸的附庸不是我的附庸”在这里也同样适用。因此很多恐怖组织都有基地组织有“关系”，但不一定有“联系”。如果你对封建制度不是很了解，可以想象成大B哥和靓坤虽然都是洪兴的人，都认蒋天生做老大。但是依然阻止不了靓坤对大B哥痛下杀手。
基地组织当时（2016年）的头目为今年7月被击毙的扎瓦希里，其直接领导一个由10人组成的协商委员会。归基地核心管理层直接领导的有一个训练营，以及四个分别负责军事、财政、宣传、教育的行政机构。军事行动和培训委员会、商务财政委员会、媒体公关和出版委员会、宗教教育委员会。各委员会头目，向前文提到的协商委员会负责。
第二层是各个分支机构。在2016年这个时间节点，主要有五个分支机构。它们都公开效忠基地组织，并接受其指挥。战略是在全球反美圣战阵线内袭击美国及其盟友，打击所在国政府。
阿拉伯半岛分支（Al Qaeda in the Arabian Peninsula，简称AQAP）主要打击美国和西方在阿拉伯半岛特别是也门和沙特等地区的政府组织。
北非/马格里布分支（Al Qaeda in the Islamic Maghreb，简称AQIM或AQLIM），其活动范围在阿尔及利亚和马里边境地区，活动范围覆盖西非、北非多国，主要打击对象为美国、法国、西班牙以及北非和西非地区的各国政府组织，目的是征服马格里布和伊比利亚半岛。
索马里青年党（al-Shabaab），在索马里，活动范围在坦桑尼亚、肯尼亚、埃塞俄比亚、乌干达等国，目标是在大索马里建立实行伊斯兰教法统治的“哈里发国家”。
“基地”叙利亚分支即努斯拉阵线（Jabhat al-Nusrah li-Ahli al-Sham），目前势力遍及叙利亚。
呼罗珊集团（Khurasan Group），主要打击美国和西方利益目标。
其中努斯拉阵线就与ISIS有直接关系，也是导致基地组织与ISIS决裂的开端。对ISIS崛起感兴趣的同学可以看看黑旗。会有一个相对完整的脉络。
第三层属于基地的外围组织，即盟友关系。这类组织数量众多，遍布西非、北非、地中海东岸、高加索、中亚到东南亚等地区。这些恐怖组织与”基地核心“或者正式机构合作进行恐怖主义活动，其意识形态深受“基地核心”及正式机构的影响。但是这些恐怖主义势力仅与基地进行合作，并没有向基地宣誓效忠，它们往往有自己的政治目标和政治议程。如中亚的乌伊运（IMU）、高加索的高加索酋长国（Imarat Kavkaz)、南亚的虔诚军(Lashkar-e-Taiba)等。
第四层是基地组织的边缘地带，由一些认同基地组织意识形态的人组成，这些人分散在全球各地，一般都有正当职业，并不从事恐怖主义相关活动。往往提供一些情报、资金支持或是通过网络进行舆论支持。
基地组织的结构就是由内而外呈同心圆扩撒，由内而外基地的控制力也逐渐减弱。
ISIS
对比于基地组织，伊斯兰国的组织结构更垂直。从上到下也分为四个等级，每一级都有严格的职能划分以及明确的上下级关系。ISIS的前身就位列基地组织第二层等级，属于分支机构。
ISIS的最高领导层是易卜拉欣哈里发（Caliphibrahim),2016年时由阿布·巴卡尔·巴格达迪（Abu Bakr al-Baghdadi）担任。
插句题外话，巴格达迪出生于伊拉克，拥有巴格达的伊斯兰大学伊斯兰研究的博士学位，为其在组织内部的声望增色不少。这家伙的全名在阿拉伯人中也算长的，易卜拉欣·阿瓦德·易卜拉欣·阿里·穆罕默德·巴德里·萨玛拉·阿布·贝克尔·巴格达迪足足32个字，本拉登全名也才15个字。
基地组织与ISIS决裂就是发生在巴格达迪掌权期间。
2014年2月，基地组织宣布“伊拉克和沙姆伊斯兰国”过于极端、残忍、野蛮，而切断了与它的所有联系。本·拉登的高级幕僚曾在21页信函中，谴责该组织的恶行：包括多次炸毁清真寺、违背《古兰经》教义展开血腥种族清洗、使用氯气进行毒杀、在巴格达的天主教堂里屠杀信徒，基地组织应与其划清界限，以免形象被拖累，故该组织已不被基地组织所承认。
说回正题。
在ISIS中，第一层领导人就是哈里发巴格达迪。
第二层是巴格达迪的地区代理人。第一层与第二层的关系不再向基地组织那样是宣布效忠的关系，而是直接明确的上下级隶属关系。
当时其最得力的两名副手分别是伊拉克省区负责人阿布·穆斯利姆·图尔克马尼（Abu Muslim al-Turkmani）和叙利亚省区负责人阿布·阿里·安巴里（Abu Ali al-Anbari）。
伊斯兰国的最高领导层和第二领导层是伊斯兰国的决策层，巴格达迪和他的这两名副手决定伊斯兰国的大政方针以及在何时何地发动进攻。
第三层由舒拉议会（The Shura Council）和沙里亚委员会（The Sharia Council）构成。
舒拉议会一般由9～11名成员组成，主要任务是将决策层的命令传达给执行任务的具体指挥官，并确保任务的完成。
沙里亚委员会的领导人由巴格达迪亲自担任，主要任务是在“宗教事务委员会”的监督之下选举哈里发、执行伊斯兰教法、制定宗教政策和奖惩措施以及监督意识形态等。
第四层则是舒拉议会和沙里亚委员会下辖的若干个执行具体任务的部门或委员会组成。根据其所执行任务的内容，可将其划分多个部门。关于具体部门的划分，有“七部门说”“八部门说”“九部门说““十部门说”等多种观点。我们就暂且按八门遁甲来划分，休、生、伤、杜、景、死、惊、开。哦不对，串台了。“八部门说”认为，伊斯兰国内部存在内政部、通讯部、财政部、国防部、宣传部、作战部、伊斯兰教法部以及情报部。
还有一种说法认为伊斯兰国内部的组织结构是在哈里发之下设有4个委员会，分别是宗教、咨询、军事、和保安。然后在其控制的省级行政单位下复制同样的四个委员会。
外界对ISIS内部管理结构虽然有不同的判断，但无论是哪一种都从侧面反映出了其在执行具体任务上分工明确，权责分明的特点。
毫无疑问，伊斯兰国的这种组织结构已经十分接近“准国家”的水平，因此它任何部分的运转最终都必须落实在其所控制的领土之上。这种相对完整、高效的组织结构在一定程度上提升了伊斯兰国的综合实力。
有意思的是，单从组织架构来看，伊斯兰国确实比基地组织更“正规”。但其实作为一个恐怖组织，太正规也不是好事。基地组织“落后”的模式从长期运转来看有其合理性。既然是恐怖组织就注定是全球围追堵截的对象，基地组织松散的结构和遍布世界的分支机构，使得其很难受到致命打击，即使受到打击也可以迅速转移，即使没转移成功，分支被消灭了对基地组织的影响也无关痛痒，这加大了国际社会的打击难度。而伊斯兰国的组织结构严重依赖其所占据的土地。正是基于此特点，伊斯兰国的活动范围相对公开和确定，为国际社会提供了明确的“标靶”。客观上增大了伊斯兰国的外部压力，一旦所占领的领土受到压缩，其对内的统治力就会打折扣。
不过无所谓，我就不操这闲心了，不管这俩是啥组织结构，希望还是早日放下屠刀立地成佛吧。
完型填空，会的人应该不少吧，结合上下文，图中人物说了什么？
参考文献：
曾向红 梁晨.从“基地”组织到“伊斯兰国”[J].中东问题研究，2016（1）
钱雪梅.“基地”的“进化”,重新审视当代恐怖主义威胁[J]外交评论，2015（1）